不同部位的结石引起的症状也不同，例如输尿管结石主要表现为剧烈的疼痛和血尿，膀胱结石主要表现为排尿中断，尿道结石则主要表现为排尿困难。当然，也有很多结石没有明显的临床症状，是在体检中被发现的。但实际上这些没有症状的结石绝大部分最终都会表现出症状来。
泌尿系结石对人体有很大的危害。首先是引起尿路梗阻，尿液引流不畅，特别是上尿路结石，引起肾积水，损害肾脏功能，严重的可以导致急性或慢性的肾功能衰竭。尿路梗阻引起的尿液滞留又容易导致严重的尿路感染，甚至危及生命。另外，由于结石在局部的长期刺激，会造成局部组织反复出现损伤，有可能导致恶变，出现恶性肿瘤。
泌尿系结石的诊断除了依据症状以外，最主要的是影像学检查，包括B超，X光片和CT。B超相对简便，费用也低，是泌尿系结石最常用的检查方法。但B超并不能看到所有的结石，存在一定的检查盲区，所以通常用于筛查和术后复查、随访。CT能够清晰的显示所有泌尿系结石，并能够显示出结石的大小、部位、在肾脏的分布、结石所造成的尿路梗阻情况，甚至可以预估结石的硬度，可以说是泌尿系结石诊断的“金标准”。所以对于需要手术的结石最好都要行CT检查。
泌尿系结石如果比较小，如小于4毫米，通常可以自己排出，而大于7毫米的结石通常自己排出会比较困难，医院进行治疗。过去，这样不到1厘米的“小石头”，也要切一个15到20厘米的口子才能取出来。但现在，由于科技的进步，各种微创治疗技术逐步发展成熟起来，泌尿系结石基本不需要再“开刀”，几乎都可以通过微创的方法进行治疗。
体外冲击波碎石治疗是大家比较熟悉的微创治疗方法，通常被简称为“体外碎石”。有些非医学专业的患者不懂其原理，经常误称其为“体外激光碎石”或“体外超声波碎石”，这都是不对的。目前认为体外冲击波碎石还是各种结石微创治疗方法中创伤最小的。但要强调的是，它是微创，不是无创。体外冲击波碎石虽然一般不需要住院，不需要麻醉，体表没有伤口，但是冲击波在碎石的同时也会造成周围组织一定的损伤，引起组织水肿、少量出血，严重的可以引起血肿或肾脏、输尿管破裂。另外反复多次的体外冲击波碎石治疗还可能引起肾脏在以后逐渐出现纤维化，影响肾脏功能。因此体外冲击波碎石不能无限制的应用，通常应用于可以定位的小于1.5厘米的输尿管上段结石和小于2厘米的肾结石。对于更大的结石、输尿管中下段结石则效果欠佳。而且对于同一块结石如果两次体外冲击波治疗都无效，则不建议再继续应用体外碎石。
输尿管镜碎石是应用一根很细的内窥镜，经人体自然存在的腔道—尿道、膀胱进入输尿管内，找到结石，并用各种能量将结石击碎以利于结石排出体外的一种微创手术方法，是治疗上尿路结石最常用的微创手术方法。输尿管镜又分硬镜和软镜两种，输尿管硬镜主要应用于输尿管中下段结石，输尿管软镜主要用于输尿管上段及肾内的结石。
经皮肾镜碎石取石术是治疗体积较大的输尿管上段结石和比较复杂的肾结石的一种微创手术。这种手术需要在腰部切一个0.5到1厘米的小口，并在B超或X线的帮助下建立一个一直到肾脏里面的通道，经过这个通道放入内窥镜，可以看到肾脏里面的情况，并且可以将结石击碎并取出。这种方法可以将能够看到结石尽可能取净，所以术后结石清除率最高。但由于需要在肾脏上“打洞”，创伤也较上面两种方法要大一些，但相比过去的开放手术仍然是微创。
所以对于上尿路结石，现在还没有一种“打遍天下无敌手”的治疗方案，到底选择哪种治疗方法，需要医生根据每个患者的实际情况进行选择，制定个体化的治疗方案。
相对上尿路结石治疗的复杂性，下尿路结石，即膀胱结石和尿道结石的治疗选择相对简单。小的结石可以自行排出，较大的结石选择腔内碎石治疗，就是通过尿道镜或膀胱镜将结石击碎并取出。当然，对于极个别特别巨大的膀胱结石，由于手术时间过长，相对创伤不太大的膀胱切开取石可能是更好的治疗方法。
总之，对于泌尿系结石这一临床常见病，各种微创治疗已经取代了传统的开放手术。而随着科技的进步和各种医疗设备的的发展，将会有更多、更微创的治疗方法出现，为治疗提供更多的选择。
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