肾结石手术通常会经历30分钟到2小时，具体时长要看结石的部位、大小、结构而定，结石的复杂程度不同，手术方法也会有所差异，时长也就不一样。
1、体外冲击波碎石术
体外冲击波碎石术时间维持在30-40分钟，这种技术适用于直径＜2厘米的肾结石的治疗，可将能量聚焦于肾结石部位，粉碎后的结石会随尿液自行排出。该手术创伤小、恢复快，但对于大而坚硬的结石需多次治疗。另外，孕妇、结石以下尿路梗阻、处于感染疾病活动期、患有全身出血性疾病等人群，不宜做这项手术。
2、输尿管镜碎石术
输尿管镜碎石术时间大概是30-60分钟，适用于直径＜2厘米的肾结石，主要利用一根直径约3毫米的细镜，经过尿道、膀胱插入输尿管，将结石击碎取出，该手术创伤较小。
3、经皮肾镜取石术
经皮肾镜取石术一般需经历1-2个小时，它适用于较大的肾结石、铸形肾结石、肾盏内多发性结石等，主要是在腰部建立一条从皮肤到肾脏的通道，利用激光、超声波将结石击碎取出。经皮肾镜取石术的优点是能处理复杂性肾结石，但术中可能会出现感染、出血风险，对操作人员要求较高。
4、开放性手术
开放性手术通常用时1-2小时左右，适用于占据整个肾盂或伸展至多个肾盏的复杂性肾结石，此外，微创手术治疗失败或治疗后出现并发症的肾结石患者，也可以采用开放性手术进行治疗。